2032年，也就是第一部故事的三年之后。光電、納米、機械、生物、網絡依然迅猛發展，唯有人類的安危 更值得關注。自從人腦可經連線直接接入網絡，這種尖端科技帶來生活質量提升的同時，伴隨著的負面效應越來越危急可怕。網絡犯罪只是其中孳生出的一個不可校 正的怪胎。為了應對這種不斷制造事端的陰暗勢力，以保護國家要人、揭發貪污瀆職、執行秘密暗殺行動、對付電腦犯罪和恐怖主義活動為目的，具備超強攻擊能力 的機動部隊--公安九課(俗稱“攻殼機動隊”)，再度出擊，并擔負著愈發沉重的責任。而這其中，公安九課的刑警巴特作為主力干將依舊充當著急先鋒的角色。 巴特是個半機械人，除去大腦中些微的人類痕跡以外，他身體的絕大部分都是由人造機械組成，而這并不妨礙他以一顆正義之心維護網際社會的正常秩序。某日，一 個女性玩偶型機器人突然不受控制，殺死了自己的主人。這一違背常倫的兇殺案包含著人類與玩偶間不容忽視的矛盾基因，巴特及其搭檔在歷經了犯罪集團的劫殺、 電腦黑客的攻擊、政府官僚的阻撓等等困難后逐步接近了一個不為人知的犯罪漩渦之中，那搖擺不定的真相仿佛就在眼前……